Ngày 27 tháng 6 năm 1976, chuyến bay 139 của Air France, một chiếc Airbus A300 (Airbus A300B4-203), số đăng ký F-BVGG (cn 019), xuất phát từ Tel Aviv, Israel, mang theo 248 hành khách và phi đội 12 người, cất cánh từ Athens, hướng tới Paris. Ngay sau khi cất cánh lúc 12:30 p.m., chiếc máy bay bị không tặc bởi hai người Palestine thuộc Mặt trận Nhân dân Giải phóng Palestine - Các chiến dịch Bên ngoài (PFLP-EO) và hai người Đức thuộc Các chi bộ Cách mạng—Wilfried Böse và Brigitte Kuhlmann. Những kẻ không tặc buộc chuyến bay chuyển hướng tới Benghazi, Libya.Tại đây nó bị giữ trên mặt đất trong bảy giờ để tái nạp nhiên liệu, trong thời gian đó một nữ con tin được thả, người này có vẻ sắp bị sẩy thai. Chiếc máy bay rời Benghazi, và vào lúc 3:15 p.m. nó tới Sân bay Entebbe ở Uganda.
Tại Entebbe, bốn kẻ không tặc được tăng cường thêm ít nhất bốn tên khác, với sự hỗ trợ của các lực lượng ủng hộ người Palestine của Tổng thống Uganda, Idi Amin. Chúng yêu cầu thả 40 người Palestine đang bị giam giữ tại Israel và 13 người khác đang bị bỏ tù tại Kenya, Pháp, Thuỵ Sĩ và Tây Đức. Chúng đe doạ nếu các yêu cầu này không được thoả mãn, chúng sẽ bắt đầu giết hại con tin vào ngày 1 tháng 7 năm 1976.
Những tên không tặc đã chủ tâm xếp hành khách thành hai nhóm - người Do Thái và phi Do Thái. Khi chúng làm như vậy một nạn nhân còn sống sót của cuộc Diệt chủng người Do Thái đã vạch cho Böse xem một số đăng ký được xăm trong trại giam Phát xít trên cánh tay ông, Böse quả quyết "Tôi không phải Phát xít! ... Tôi là người theo chủ nghĩa lý tưởng".Những kẻ không tặc giữ các con tin trong một tuần tại phòng quá cảnh của Sân bay Entebbe - hiện là nhà ga cũ. Một số con tin được thả, nhưng 105 người vẫn bị bắt giữ. Những kẻ không tặc doạ giết họ nếu Israel không đáp ứng các yêu cầu của chúng.
Ngay khi những kẻ không tặc thông báo rằng phi đội và những hành khách không phải người Do Thái sẽ được thả và đưa lên một chiếc máy bay Air France khác đã được đưa tới Entebbe vì mục đích này, cơ trưởng Michel Bacos nói với những kẻ không tặc rằng mọi hành khách, kể cả những người còn lại, đều thuộc trách nhiệm của ông và rằng ông sẽ không bỏ họ lại. Toàn bộ thành viên phi đội đều làm theo Bacos. Một bà xơ người Pháp cũng từ chối được thả, đề nghị rằng một trong số hành khách còn lại sẽ được thả thay cho mình, nhưng bà bị các binh sĩ Uganda buộc phải vào chiếc máy bay Air France đang chờ. Tổng cộng 85 người Israeli và/hay con tin Do Thái còn lại, cũng như 20 người khác, đa số họ gồm phi đoàn chiếc Air France
Chính phủ Uganda, dưới sự lãnh đạo của Juma Oris, Bộ trưởng Ngoại giao Uganda ở thời điểm ấy, sau này đã tìm cách tổ chức một kỳ họp của Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc để tìm kiếm một sự lên án chính thức với cuộc đột kích của Israel,[28] như sự xâm phạm vào chủ quyền của Uganda. Hội đồng ngay lập tức từ chối đưa ra bất kỳ một nghị quyết nào về vấn đề này, không lên án cả Israel và Uganda. Trong bài phát biểu của mình trước Hội đồng, đại sứ Israel Chaim Herzog nói:
Chúng tôi tới với một thông điệp đơn giản tới Hội đồng: chúng tôi tự hào về điều mình đã làm bởi chúng tôi đã thể hiện với thế giới rằng, một quốc gia nhỏ bé, trong những trường hợp của Israel, mà với quốc gia đó các thành viên của Hội đồng này hiện đã đều biết rõ, phẩm giá của một con người, cuộc sống của con người và tự do của con người là những giá trị cao nhất. Chúng tôi không chỉ từ hào bởi chúng tôi đã cứu mạng sống của hơn một trăm đàn ông, đàn bà và trẻ em vô tội mà còn bởi tầm quan trọng của hành động của chúng tôi cho lý tưởng tự do của loài người.
— HERZOG, Chaim.