Khái niệm Cửu âm chân kinh lần đầu xuất hiện trong bộ truyện Anh hùng xạ điêu (tiểu thuyết đầu tiên của bộ Xạ điêu tam khúc), qua lời kể của Lão Ngoan đồng Chu Bá Thông cho Quách Tĩnh nghe lý do tại sao mình bị Hoàng Dược Sư giam giữ trên Đào Hoa đảo. Theo lời kể của Lão Ngoan đồng, người viết nên Cửu âm chân kinh là Hoàng Thường mà nguyên nhân sâu xa là từ những thù oán của Hoàng Thường với giới võ lâm. Hoàng Thường vốn là một quan lại trong triều đình dưới triều đại vua Huy Tông triều Tống, theo lệnh của hoàng đế thu thập hết sách của Đạo gia 5481 quyển viết thành bộ sách Vạn thọ Đạo tạng (theo lời Chu Bá Thông thì việc này diễn ra vào năm Chính Hòa thứ năm, vua Huy Tông). Nhờ trí thông minh và kiên trì, Hoàng Thường đã học được toàn bộ các bí kíp võ học Đạo gia và trở thành một cao thủ võ lâm.

Sau đó, theo lệnh của Huy Tông hoàng đế, Hoàng Thường dẫn quân đến tiêu diệt Minh giáo và quân lính bị đại bại. Tuy nhiên, Hoàng Thường học được toàn bộ bí kíp võ công cao cường nên đánh bại hầu hết các cao thủ Minh giáo, nhưng sau đó vì đơn thương độc mã nên vẫn thất bại, kết quả là toàn bộ gia đình của Hoàng Thường bị sát hại, chỉ một mình Hoàng Thường thoát nạn chạy lên núi ẩn náu quyết rèn luyện võ công cao cường để trả thù. Sau một thời gian dài tu luyện và ngộ được đạo lý võ học, Hoàng Thường trở lại với ý định trả thù nhưng thời gian đã trôi quá lâu tất cả các đối thủ đều đã qua đời, thậm chí con cái đối thủ cũng đã già nữa, Hoàng Thường hết ý định trả thù, nhưng tiếc những kiến thức võ học Đạo gia mà mình học được viết thành bộ Cửu âm chân kinh gồm 2 quyển: Quyển thượng bao gồm các bí kíp rèn luyện nội công căn bản của Đạo gia, Quyển hạ gồm các chiêu thức khắc địch và bảo vệ thân thể.

Sau khi Hoàng Thường qua đời, Cửu âm chân kinh lưu lạc trong nhân gian khiến giới võ lâm tranh đoạt và gây ra sự chém giết để giành lấy bí kíp này. Trước thời kỳ xảy ra những nội dung chính của câu chuyện trong tiểu thuyết Anh hùng xạ điêu, có năm người võ công cao siêu nhất cùng đấu với nhau trên đỉnh Hoa Sơn để tranh nhau Cửu âm chân kinh gồm Đông Tà Hoàng Dược Sư, Tây Độc Âu Dương Phong, Nam Đế Đoàn Trí Hưng, Bắc Cái Hồng Thất Công, và Trung Thần Thông Vương Trùng Dương. Võ công của Vương Trùng Dương cao nhất và giành được Cửu âm chân kinh. Ông định đốt sách để tránh chuyện tàn sát trong võ lâm, nhưng lại tiếc công người xưa nên giấu quyển sách đi. Trước khi chết, ông đã giao cho Lão Ngoan đồng Chu Bá Thông là sư đệ của mình đi giấu hai quyển sách ở hai nơi nhằm tránh cho quyển sách rơi vào tay kẻ xấu.

Trên đường đi giấu sách, Lão Ngoan đồng bị vợ Hoàng Dược Sư đánh lừa, dùng trí nhớ siêu phàm đọc lại một lần nhớ hết quyển hạ. Bà về viết lại cho chồng, nhưng Hoàng Dược Sư chưa tu luyện thì bị học trò là cặp vợ chồng Mai Siêu Phong, Trần Huyền Phong lấy trộm quyển hạ trốn đi, luyện ra những võ công âm độc (ví dụ như Cửu âm bạch cốt trảo...). Hoàng Dược Sư nổi giận đánh gãy chân các học trò còn lại và đuổi ra khỏi đảo Đào Hoa. Vợ Hoàng Dược Sư lúc đó mang thai cố gắng nhớ lại viết lại sách cho chồng nên bị kiệt sức và mất sau khi sinh con. Chu Bá Thông thấy vậy đến Đào Hoa đảo đòi sách và đánh nhau với Hoàng Dược Sư, thua trận bị nhốt trong động đá. Vô tình từ những ân oán giữa Giang nam thất quái và vợ chồng Mai Siêu Phong khiến cho Quách Tỉnh có được nội dung Cửu âm chân kinh phần quyển hạ được ghi lại trên da bụng của Trần Huyền Phong. Khi Quách Tỉnh gặp Chu Bá Thông trên Đào Hoa đảo, Chu Bá Thông đã dạy cho Quách Tĩnh thuộc lòng cả bộ Cửu âm chân kinh và cũng vô tình đó, Chu Bá Thông cũng luyện thành và trở thành một nhân vật võ công cao nhất. Một phần của Cửu âm chân kinh viết bằng tiếng Phạn được Nhất Đăng đại sư dịch lại sang Trung văn.

Sau này, Quách Tĩnh trở thành một cao thủ nhờ tu luyện Cửu âm chân kinh. Cửu Âm chân kinh cũng là một lý do gây ra những bi kịch thù hận trong bộ truyện này. Khi đến bộ Thần điêu hiệp lữ, Cửu âm chân kinh một lần nữa xuất hiện. Vương Trùng Dương trước khi chết đã ghi lại một phần nội dung Cửu âm chân kinh trong thạch động Hoạt tử nhân mà Dương Quá và Tiểu Long Nữ là hai người có duyên luyện được bí kíp này. Cửu âm chân kinh được vợ chồng Quách Tĩnh, Hoàng Dung giấu trong kiếm Ỷ Thiên, được Chu Chỉ Nhược luyện tập. Thành tựu nhất trong truyện này có lẽ là cô gái áo vàng, người được coi là hậu duệ của Dương Quá và Tiểu Long Nữ.

Cửu âm bạch cốt trảo là một trong nhiều môn võ công được ghi lại trong Cửu âm chân kinh, bộ võ công tối thượng trong tiểu thuyết võ hiệp Anh hùng xạ điêu của nhà văn Kim Dung. Nổi danh nhất với võ công này là Mai Siêu Phong, biệt hiệu Thiết Thi, 1 trong 6 đệ tử ban đầu của Đông Tà Hoàng Dược Sư. Cửu âm bạch cốt trảo thực chất trong Cửu âm chân kinh mà Chu Bá Thông truyền thụ trong hang đá cho Quách Tĩnh có tên là Cửu âm thần trảo. Khi luyện Cửu âm thần trảo thì chỉ dùng tay đánh vào vách đá để luyên tập, nhưng do Mai Siêu Phong cùng sư huynh Trần Huyền Phong ăn cắp được nửa quyển hạ Cửu âm chân kinh, sau đó tập luyện theo mà không hiểu yếu chỉ đạo gia trong khẩu quyết võ công nên khi luyện dùng tay đánh vào sọ người sống, khi luyện tập thường chất rất nhiều sọ người xung quanh nơi mình tập, từ đó tên gọi Cửu âm bạch cốt trảo được dùng cho Cửu âm thần trảo cùng sự nổi danh của Hắc phong song sát.

Chu Bá Thông có giải thích: Mai Siêu Phong không biết cách thức luyện công cho đúng, thấy quyển hạ viết: Năm ngón phát kình, không gì cứng không phá được, chụp vào đầu óc như xuyên vào đậu hũ, lại không biết câu: Chụp vào đầu óc trong kinh có ý là tấn công vào chỗ yếu hại của địch nhân, tưởng rằng phải chụp vào đầu người thật nên lúc luyện công cũng theo đó mà làm. Yếu chỉ của bộ Cửu âm chân kinh này vốn là đường lối học theo tự nhiên của Ðạo gia, xua quỷ trừ tà để trường sinh dưỡng mệnh, há lại dạy người ta luyện thành võ công hung ác tàn nhẫn như thế sao? Ngoài Mai Siêu Phong ra,trong tiểu thuyết của Kim Dung chỉ có Dương Khang (đã bái Mai Siêu Phong là sư phụ), Chu Chỉ Nhược phái Nga Mi và cô gái áo vàng (trong Ỷ thiên đồ long ký) là có sử dụng võ công này.